På Middelhavet kæmper tusindvis af migranter for at nå Europas kyster, men for mange ender rejsen tragisk. I ‘Save Our Souls’ går filmskaber Jean-Baptiste Bonnet ombord på nødhjælpsskibet Ocean Viking, drevet af SOS Méditerranée, for at dokumentere besætningens arbejde fra de letter anker til den sidste migrant går i land.

Nødhjælpsarbejdere spejder gennem kikkerterne mod horisonten. Er det en gummibåd i det fjerne? Langs Libyens kyst leder de efter både i håbet om at nå frem, før katastrofen indtræffer. Da de spotter en synkende jolle, igangsættes en intensiv redningsaktion – og kameraet er med hele vejen.

Besætningen lykkes med at bringe flygtningene i sikkerhed, men rejsen er langt fra forbi. Mens de venter på en havn i Europa, der vil tage imod dem, deler migranterne deres skræmmende flugthistorier. ‘Save Our Souls’ er en rørende fortælling om sammenholdet mellem besætning og migranter. Fortalt over to måneder fra et midlertidigt hjem midt på havets gyngende grund.